1987 grundade Viola och Aron Neuman Stiftelsen judiska museet. Redan på ett tidigt stadium fanns ett stort intresse kring tanken på ett judiskt museum. Att finna lämpliga museilokaler var dock inte lika lätt. Ingen institution var beredd att hysa nykomlingen under sitt tak.

Till slut fick museet sin plats i ett före detta mattlager i Frihamnen. Där visades utställningar om judiskt liv fram till 1992, då man flyttade till Hälsingegatan i Vasastan, i vad som tidigare varit gymnastiksal för Vasa högre flickskola. Där utvecklades en mångfacetterad verksamhet med basutställning och tillfälliga utställningar, seminarier och föreläsningar.

1994 fick Judiska Museet Svenska museiföreningens pris Årets museum med följande motivering; ”Att visa det positiva som skaparglädje, konst och livsvilja i kampen mot negativa och mörka krafter gör Judiska Museet till en viktig aktör i kampen mot okunskap, rasism och främlingsfientlighet”

I början av 2019 påbörjas en ny era i museets historia; ett nytt museum skapas för att kunna foga ytterligare en pusselbit till det svenska kulturarvet. Då öppnar museet i nya lokaler på Själagårdsgatan i Gamla stan. Där låg tidigare en synagoga, men byggnaden har också fungerat som auktionskammare, polisstation, och sjömanskyrka. Mellan 1795 till 1870 var platsen  synagoga och församlingslokal för Stockholms judiska invånare. På så sätt är flytten dit som att komma hem för ett museum vars uppdrag är gestalta den svensk-judiska historien och kulturen.